Tomoya Okazaki adalah seorang berandalan yang merasa hidupnya membosankan dan percaya bahwa dia tidak akan pernah berarti apa-apa. Bersama dengan temannya Youhei Sunohara, dia bolos sekolah dan berencana untuk menyia-nyiakan hari-hari sekolah menengahnya.
Suatu hari saat berjalan ke sekolah, Tomoya melewati seorang gadis muda yang bergumam pelan pada dirinya sendiri. Tanpa peringatan dia berseru, “Anpan!” (makanan Jepang yang populer) yang menarik perhatian Tomoya.
Dia segera menemukan nama gadis itu adalah Nagisa Furukawa dan bahwa dia berseru hal-hal yang dia suka untuk memotivasi dirinya sendiri. Nagisa mengklaim bahwa mereka sekarang berteman, tetapi Tomoya pergi dan menganggap pertemuan itu bukan apa-apa.
Namun, Tomoya mendapati dia semakin memperhatikan Nagisa di sekitar sekolah. Akhirnya dia mengakui dan berteman dengannya. Tomoya mengetahui Nagisa telah ditahan setahun karena sakit parah dan mimpinya adalah untuk menghidupkan kembali klub drama sekolah. Mengklaim dia tidak ada yang lebih baik untuk dilakukan, dia memutuskan untuk membantunya mencapai tujuan ini bersama dengan bantuan empat gadis lainnya.
Karena Tomoya menghabiskan lebih banyak waktu dengan gadis-gadis itu, dia belajar lebih banyak tentang mereka dan masalah mereka. Saat ia mencoba untuk membantu setiap gadis mengatasi hambatan masing-masing, ia mulai menyadari hidup tidak membosankan seperti yang pernah ia pikirkan.
