Di Metropolitan High School Tsutsujidai, tepat setelah jam pelajaran selesai, Hibiki Yuta duduk di ruang kelas, menggambar dan menghapus gambar Gridman berulang kali dalam buku catatan. Sejak zaman dahulu, dunia ini dibentuk dan dijaga oleh seorang gadis, dan yang telah menyelamatkan gadis tersebut adalah Hyper Agent Gridman dari dunia lain.
Yuta, sekarang seorang siswa kelas dua, telah dipisahkan dari Rikka. Dia telah memutuskan untuk menyatakan perasaannya padanya. Kehidupan mereka yang damai tiba-tiba terganggu oleh kehadiran yang mengejutkan. Di tengah krisis ini, Gridman tiba-tiba muncul dan memberi tahu Yuta bahwa keseimbangan dunia telah terganggu. Beberapa penduduk dari dunia lain, yang dikenal sebagai pengguna Dynazenon, dan teman-teman mereka muncul di depan Yuta. Dengan perasaan yang tak terucapkan kepada Rikka, Yuta segera terjerumus ke dalam kehidupan yang luar biasa lagi.
